Analisis Interaksi Gamma Tocopherol dan Phenol dengan Spike Protein Sars-Cov-2 Secara In Silico

Abstract

Wabah Sindrom Pernafasan Akut Coronavirus-2 (SARS-COV-2) adalah virus yang menginfeksi manusia dengan menempelkan protein S1 bagian dari protein spike ke dalam enzim pengubah angiotensin 2 (ACE2). Salah satu strategi yang efektif untuk mengendalikan virus ini yaitu dengan pemanfaatan metabolit sekunder dari tanaman potensial seperti tanaman mahoni. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui interaksi antara protein spike S1 dengan beberapa metabolit sekunder dari Swietenia mahagony (gamma tocopherol dan phenol) secara molecular docking. Metode yang dilakukan dalam penelitian ini adalah eksperimen dan deskriptif. Semua ligan diperoleh dari PubChem dan dibuat dengan menggunakan PyMol, PyRx , Biovia Discovery untuk visualisasi. Interaksi tersebut diselidiki menggunakan Autodoc vina kemudian skor docking dari beberapa probabilitas diurutkan berdasarkan jumlah parameter yaitu binding affinity. Hasil penelitian menunjukkan afinitas ikat gamma tochoperol dengan protein spike S1 (reseptor 7B62) paling rendah (-7,2), phenol memiliki afinitas ikat lebih tinggi yaitu -5,2. Kesimpulannya, metabolit sekunder diperkirakan dapat mengganggu partikel virus untuk berinteraksi dengan ACE2 di paru-paru manusia. Penelitian ini mengungkapkan bahwa metabolit sekunder dari mahoni berpotensi sebagai obat untuk pasien terinfeksi virus SARS-COV-2. Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-COV-2) is a virus that infects humans by attaching the S1 protein part of the spike protein to the angiotensin converting enzyme 2 (ACE2). One effective strategy to control this virus is by utilizing secondary metabolites from potential plants such as mahogany. This study aims to determine the interaction between the S1 spike protein and several secondary metabolites of Swietenia mahagony (gamma tocopherol and phenol) by molecular docking. The method used in this research was experimental and descriptive. All ligands were obtained from PubChem and prepared using PyMol, PyRx , Biovia Discovery for visualization. The interaction was investigated using Autodoc vina then the docking scores of several probabilities were sorted based on the number of parameters, namely binding affinity. The results showed that the binding affinity of gamma tochoperol with spike protein S1 (7B62 receptor) was lowest (-7.2), phenol has a higher binding affinity of -5.2. In conclusion, secondary metabolites can predictly with viral particles to interact with ACE2 in human lungs. This study revealed that the secondary metabolites of mahogany have the potential as a drug for patients infected with the SARS-COV-2 virus.