Analisis Docking Protein Spike Dengan Alpha Humulene Dan Stigmasterol Mahoni (Swietenia Mahogani) Secara In-Silico

Abstract

Wabah SARS-CoV-2 yang menyebabkan COVID-19 telah menjadi pandemi di seluruh dunia. Virus COVID-19 (COVID-19) memiliki empat protein struktural utama: protein S (spike protein), protein M (membrane protein), protein E (envelope protein), dan protein N (nucleocapsid protein). Protein S memiliki peran signifikan dalam menekan tingkat keparahan covid-19. Metode penelitian ini bersifat eksperimental dan deskriptif. Penelitian dimulai dengan pencarian data Spike Protein COVID-19, yang dikonstruksi dalam format 3D (PDB, SDF), bersama dengan metabolit sekunder (stigmasterol dan alpha-humulene) dari mahoni. Tahap kedua adalah menganalisis interaksi antara metabolit sekunder mahoni dengan Spike Protein COVID-19 menggunakan Pyrx. Hasil penelitian menunjukkan bahwa binding affinity alpha-humulene dengan reseptor Spike Protein COVID-19 (7C8D) adalah -8,2 kcal/mol, sedangkan binding affinity stigmasterol dengan reseptor Spike Protein adalah -6,1 kcal/mol. Hal ini menunjukkan bahwa metabolit sekunder saponin memiliki kedekatan lebih tinggi dengan reseptor dibandingkan dengan metabolit flavonoid dan alkaloid. Temuan ini dapat menjadi referensi penelitian prospektif untuk memahami dan mengobati COVID-19.